Hatua hiyo ya kushtukiza ilijiri siku moja tu baada ya kiongozi wa vuguvugu la kupigania uhuru la Polisario, Brahim Ghali, kuhudhuria hafla ya kuapishwa kwa Ruto kama rais, jijini Nairobi.
Kundi linaloungwa mkono na Algeria la Polisario Front, linataka taifa huru katika Sahara Magharibi, eneo kubwa la jangwa lenye utajiri wa madini ambalo Morocco inalichukulia kuwa sehemu ya eneo lake.
"Kenya inabatilisha utambuzi wake wa Saharawi na kuanzisha hatua za kukomesha uwepo wake nchini," Ruto alisema kwenye Twitter baada ya kukutana na Waziri wa Mambo ya Nje wa Morocco Nasser Bourita.
Kwa mujibu wa Rais Ruto, Bourita alikuwa amemletea risala za pongezi kutoka kwa Mfalme Mohammed wa Sita wa Morocco, akiongeza kuwa
"Kenya inaunga mkono mchakato wa Umoja wa Mataifa kama njia ya kipekee ya kutafuta suluhu la kudumu la mzozo huo," Ruto alisema.
Koloni la zamani la Uhispania, Sahara Magharibi iko kwenye ukingo wa magharibi wa jangwa kubwa linaloenea kwenye pwani ya Atlantiki.